Протяженность канализационных сетей города составляет 536,6км, количество канализационных колодцев – 12445шт., 15 канализационных насосных станций. Сети города обслуживает 136 человек.

Канализация города Калининграда принята в эксплуатацию 1898 году. До 1905 года строительство канализации велось по общесплавной системе. Дальнейшее строительство велось по раздельной системе.

Современная система канализации города в значительной степени предопределена наличием разветвленной существующей сети в кварталах, прилегающих к реке Преголя, где построена как общесплавная. При позднейшей застройке города новые районы были канализованы по раздельной схеме. Таким образом, в городе принята смешанная система канализации.

Сточные воды г. Калининграда собираются тридцатью коллекторами и сетью притоков к ним и отводятся на очистные сооружения: в пределах города - главным коллектором, за пределами - самотечным отводным коллектором. Основная часть коллекторов работает по раздельной системе, а затем переходит на общесплавной режим работы. Главный коллектор также является общесплавным. В системе канализации имеется акведук, несколько дюкеров и 2 песколовки на главном коллекторе.

К настоящему времени протяженность сетей общесплавной канализации составляет 40% от раздельной.

Бытовые сточные воды от жилых кварталов и промышленных предприятий собираются главным коллектором, расположенным вдоль реки Преголя и отводятся на очистные сооружения механической очистки, расположенные в 1 км от города.

В пределах города сточные воды частично поступают в главный коллектор самотеком, частично перекачиваются в него насосными станциями. Всего на сети канализации 14 насосных станций подкачки, плюс 1 станция техобслуживания КНС «Суворовская», две (КС-1 и КС-2) на общесплавной сети. Дождевые стоки через ливнестоки сбрасываются в реку Преголя. Городские сточные воды отводятся на очистные сооружения механической очистки, построенные в 1924 году. Сооружения после войны были восстановлены. Общегородские стоки расходом порядка 160,0-180,0 тыс. куб.м в сутки транспортируются главным коллектором на очистные сооружения довоенной постройки с механической очисткой расчетной производительностью 68 тыс.куб.м в сутки. Пройдя через очистные сооружения и по обводному каналу, сточные воды отводятся в Приморскую бухту Калининградского залива.

В связи с необходимостью модернизации системы водоснабжения и водоотведения, Администрацией Калининградской области, мэром города Калининграда и руководством предприятия было принято решение о привлечении средств Европейского Банка Реконструкции и Развития по инвестированию проекта «Реконструкция системы водоснабжения и охрана окружающей среды города Калининграда». В 2007-2008 годах капитально отремонтирован действующий канализационный коллектор. А декабре 2008 года вступил в строй новый главный канализационный коллектор и введена в действие районная насосная канализационная станция ("РНС- Правого берега") производительностью 84,7 тыс. куб. метров воды в сутки, что позволило значительно повысить надежность системы городского водоотведения.